Le jeu suit les aventures des personnages emblématiques de la série tels que Yuma, Kite, Shark et Tori dans leur quête de victoire du World Duel Carnival.
Chaque personnage présente son propre Deck, permettant à tous les joueurs de plonger directement au cœur de l’action. Mais il est également possible de créer son propre Deck, avec plus de 5500 cartes disponibles, chacune offrant des possibilités uniques.
Un mode « facile » et un tutoriel complet sont également inclus pour permettre aux novices de débuter leur quête et progresser tout en s’amusant.
Optimisé pour la 3D, les détails des cartes et les activations des monstres se font grâce à l’écran supérieur de la 3DS, offrant ainsi des rendus 3D impressionnants.
Entre les duels, ce sont les séquences animés de l’histoire principale qui sont présentées.
Chaque version sera vendue avec 3 cartes exclusives : Chasse-Neige Grande Vitesse, Chevalier Night Express et Programme Spécial.