L'aventure se déroule deux ans après le voyage de Yuna et sa victoire sur Sin. Autrefois plongé dans le chaos, le monde de Spira entre dans le calme éternel ('Eternal Calm') et se trouve face à un nouveau danger. La population de Spira s'est détournée des enseignements du Yevon et accueille les Al Bheds et leurs machines à bras ouverts. La faction des machines veut répandre l'utilisation de machina sur Spira. Pour ce faire, elle n'hésite pas à parler plutôt de 'machines' pour en faire oublier la mauvaise réputation. Malgré la vie tranquille qu'elle mène, Yuna ressent un vide qui l'empêche de tourner la page comme ont pu le faire les autres.
Un jour, elle découvre une sphère mystique qui semble contenir des images de ce joueur de Blitzball qu'elle croyait disparu à jamais ... Yuna n'est pas sûre que ce soit bien lui, ni même qu'il soit vivant, mais elle ne peut s'empêcher de partir à sa recherche. Yuna veut revenir sur leur séparation, même si c'est pour entendre qu'elle ne le reverra jamais.
C'est ainsi que commence l'histoire de Yuna et de sa quête.
Même si Final Fantasy X-2 est une suite, c'est aussi, par beaucoup d'aspects, un nouveau jeu. Grâce à une jouabilité renouvelée, ce titre inaugure une nouvelle approche de la série. Fidèle à la réputation de la série, Final Fantasy X-2 emmène le jeu vidéo vers de nouveaux sommets.