Dans le premier Mario vs. Donkey Kong, Mario avait essayé de trouver tous les Mini-Mario... Mais cette fois, c'est à eux de sauver la situation. Le joueur doit se servir du stylet et de l'écran tactile pour guider les Mini-Mario à travers des niveaux remplis de pièges.
. Mario vs. Donkey Kong 2 permet au joueur de créer ses propres cartes grâce à un nouvel éditeur de niveau. Une fois qu'une carte est créée, le joueur peut l'envoyer dans le monde entier grâce au système de jeu en ligne Nintendo Wi-Fi Connection. Le joueur peut également utiliser la Nintendo Wi-Fi Connection pour télécharger des cartes créées par d'autres, jeter un oeil aux statistiques des joueurs et accéder à des bonus spéciaux. Ces fonctions uniques sont sûres de faire l'unanimité auprès des amateurs d'énigmes du monde entier.
. Pauline fait son grand retour ! Apparue dans le tout premier jeu Donkey Kong, Pauline était la jeune fille que Mario essayait de sauver. Elle a été l'un des premiers personnages reconnus créés par Nintendo. Après une (très) longue pause, Pauline revient enfin dans le monde des jeux vidéo dans Mario vs. Donkey Kong 2. Donkey Kong étant à nouveau épris de Pauline, c'est vous qui allez devoir la secourir une fois de plus.
L'histoire : Apparemment les Mini-Mario font l'objet d'un énorme succès tant et si bien que la Mario Toy Company a élargi sa gamme de jouets en proposant des Mini-Donkey Kong, des Mini-Toad et des Mini-Peach. Tous ces jouets lui rapportant plus d'argent qu'il n’en a besoin, Mario décide de réaliser son plus grand rêve en ouvrant un parc d'attraction qu'il baptise : le Super Mini Mario World.
Dans la foule du jour d'ouverture, Donkey Kong aperçoit Pauline et tombe instantanément raide dingue de la jeune fille. Pour l'impressionner, Donkey Kong exhibe fièrement son Mini-DK mais Pauline lui montre en retour son Mini-Mario. Mort de jalousie, Donkey Kong enrage. Il envoie tout balader, détruit les jouets et emmène Pauline jusqu'au dernier étage du parc d'attraction. A vous de retrouver Pauline et de sauver la situation.