Lorsque Mario débarque sur Nintendo DS pour un jeu de basket, on peut s'attendre à quelques légers changements de règles.
. Un bon doigté. Les jeux de basket-ball sont nombreux mais aucun n'offre un contrôle manuel digne de celui de Mario Hoops 3-on-3. Le joueur se sert de l'écran tactile pour réaliser des dribbles, des passes spéciales et les lancers les plus spectaculaires, le tout à l'aide du stylet.
. Le joueur sélectionne ses équipes de trois personnages de l'univers Mario avant de se lancer sur le terrain. Les carapaces rouges ou les bombes peuvent créer des retournements de situations à tout moment. Le joueur doit également collecter un maximum de pièces avant de marquer car elles peuvent largement influencer le score.
. Tournois avec des amis en réseau local sans fil ou mini-jeux, il y a un mode pour chacun.