Un nouveau fléau est apparu et menace de prendre le contrôle non seulement du Village de Konoha mais aussi de tous les autres villages et clans ninjas. Une ancienne organisation que l’on croyait dissoute depuis longtemps est de retour et à la recherche de plusieurs globes afin de ressusciter une horreur mécanique qui ravagerait la terre. Il appartient désormais à Naruto et à tous les Genin de Konoha de rejoindre les forces du Village de Suna pour vaincre ce fléau.
Fidèle à la série d’animation immensément populaire, Naruto: Uzumaki Chronicles2 est doté d’une toute nouvelle intrigue, d’un mode coopération, d’options de personnalisation des personnages et de multiples personnages jouables interchangeables instantanément tels que Naruto, Shikamaru, Rock Lee, Kakashi, Guy, Neji, Choji, et bien d’autres encore. En plus du mode 2-player Vs Battle, lors des parties normales en solo, un deuxième joueur a la possibilité de rallier l’action pour une aventure simultanée à deux joueurs en mode coopération.
Des attaques mortelles étonnantes et un arsenal d’armes ninjas spécialisées proviennent directement de la série, tout comme plus de 30 options d’attaques qui permettent de donner une bonne leçon aux ninjas. Entre autres modes de jeu palpitants, on trouve les modes Story, Head-to-Head, Mission, et Survival qui permettent à tout aspirant ninja de disposer de différents coups de pied et coups de poing.